药材种植在生长后期，会进入药材的生殖生长期，经传粉受精后发育形成种子。不同中药材种类在不同生长环境下，药材种子成熟度的差异较大，种子成熟度对中药材的发芽率、幼苗长势、种子耐藏性等均有影响，因此，适时的采收药材种子，对保证药材种子的繁殖质量有着十分重要的意义。
在中药材种植过程中，如何的确定种子成熟度，主要是根据种子形态成熟时的特征来判断，即种子种皮颜色变深、质地变硬、籽粒干重达到最高值、含水量降到最低，标志着种子已经成熟，即可采收。
另外，实际采种时，还要考虑到果实形态的特征及果皮颜色的变化，不同类型的果实，成熟时其形态特征不同，浆果、梨果、柑果等多汁果实成熟时，颜色由绿逐渐转变为白、黄、橙、红、紫、黑等颜色，如南酸枣、杏仁、木瓜成熟时，果皮由绿色变为黄色。龙葵、土麦冬、女贞子、樟树成熟时，果实变为黑色。未成熟的果实一般为绿色并较硬;蒴果、瞢荚果、荚果、翅果、坚果等是果皮外表颜色变深，籽粒饱满，由软变硬。其中。瞢荚果、蒴果和荚果果皮自然裂开，如黄连、浙贝母、四叶参、甘草、黄芪等。
大多数中药材需要采收完全成熟的种子，但有时也有例外。例如当归、白芷等，如采收老熟的种子，播种后抽薹早，需要采收适度成熟的种子。又如黄芪、油橄榄等种子老熟后往往硬实种子增多，或休眠加深，假如要采后即播，需要采收稍嫩的种子。
采收种子时，凡种子成熟后果实不易开裂，种子不易脱落的药材，待全株的种子完全成熟时一次采收。如朱砂根的种子;凡种子成熟后脱落的植物则要在脱落前分批采收，或待大部分种子成熟后将果梗割下，后熟脱粒，如穿心莲、远志、白芥子、白芷、北沙参、补骨脂、黄连等应在开裂之前随熟随采。
木本科药材种子的采收：要选择生长健壮、生长到一定年限、充分表现出优良性状、无病虫害的植株作为采种母株。如杜仲要选择未剥过皮的15年以上的树木作母株。
采种工具：多采用手工操作的简单工具，如高枝剪、枝剪、采种镰、竹竿、种钩、采种袋、布、梯子、绳子、安全带、安全帽、簸箕、扫帚等。
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